Stiftspfarren
Die Betreuung von Pfarren zählte ursprünglich nicht zu den Aufgaben eines Benediktinerklosters, doch schon bald nach dem Neuanfang 1072 kamen durch Schenkungen Pfarren hinzu. Die älteste Originalurkunde belegt 1135 die Übernahme der Pfarre Seewalchen (OÖ) durch das Stift Michaelbeuern. Bis 1971 waren acht Pfarren zu betreuen, heute sind es drei.
Pfarre Dorfbeuern

Gottesdienste in der Pfarrkirche Dorfbeuern
Sonntag 07:45 Uhr – hl. Messe
Dienstag 08:30 Uhr – hl. Messe
Freitag 14:30 Uhr – hl. Messe
Pfarre Perwang

Pfarre Mülln

Erzbischof Sigismund I. weihte 1453 den gotischen Neubau, der auch der Kern der heutigen Kirche ist, zu Ehren Marias und des heiligen Alexius. 1465 wurde Mülln von der Dompfarre Salzburg getrennt und eine eigene Stadtpfarre.